值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
然而，从外部来看，政府声称这种行为是在保护亚洲人。同样是亚洲人的佐藤（Ayano Gang饰演）救出了吉永井，希望后者能加入自己的阵营。佐藤依靠恐怖活动威胁政府，并提议建立亚洲自治区。长井惠知道佐藤生性贪婪邪恶，不愿意屈服，所以他也被佐藤视为敌人。在漩涡的中心，永井惠知道这不仅仅是佐藤和他自己之间的战争，而是人类和亚洲人之间的游戏。
