在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
贵子（黑川芽以 饰）从小到大都是公认的大美女，艳光四射的她走在路上总是惹得旁人情不自禁的频频侧目。这样的她亦并不是绣花枕头，身为网页设计师的贵子深得客户的好评和上司的信赖，凭借勤奋和智慧为自己闯出了一片天地。
尽管摇摆不定的村庄里所有的客人都是女性，但董孔玉最终还是在这里找到了立足点。天真可爱的花Yonaga（岛川美由纪配音），每天沉迷于妄想症的美少女偶像宫崎千寻（铃木由里配音），对怪物深恶痛绝的通灵忍者高桥赖（高桥赖配音），醉酒燕子男孩的后代，野霸Tsutomako（Yai Kazuma配音），还有那些和德川家康住在同一屋檐下的奇怪而美丽的女孩。
