故事发生在美丽的志摩市。一天,在好奇心的驱使下,在一次交通事故中失去母亲的小男孩向泽头在岛上发现了一块闪闪发光的红色石头,上面有一个鸡蛋。就在他手里拿着它的时候,一只小乌龟从蛋里孵化了出来。
在复兴的同时,为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有,地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后,大和所达成的真正的和平吗? 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿,将大和邀往新的航海。 如今,席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁,正在逼近地球——。