他们的主要对手是杜伦布贼党,分别由女贼头多龙芝(深田恭子 饰)及其一胖一瘦两个随从童兹拉(小林剑道 饰)和波亚基(生濑胜久 饰)组成。多龙芝效力于盗贼之神骷髅贝,他们奉命四处寻找传说中可以实现任何愿望的骷髅石碎片。 少女翔子(冈田杏理 饰)的父亲海江田博士(阿部隆史 饰)是一位考古学家,他在寻找骷髅石的过程中突然失踪。从翔子那里得知详情的小双侠为阻止骷髅贝灭亡世界的阴谋,与多龙芝一众展开连番精彩激烈的战斗……
被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”,并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。