北银河正在举行冥界第一武术大会,孙悟空和来自西银河的排骨饭热战正酣。就在这时,冥界却出了乱子。阎王殿中,一名一心玩乐的小鬼不慎碰坏灵魂清洗装置,导致所有的邪气外泄,进而引发冥界巨大混乱。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。