从被吞噬中逃生的天空之树被竖立起来了。人们在奇怪的景象前假装——还有一些东西从黑点内部靠近。在无法到达的绝望中,人们从被称为“敌人x的数不胜数”的黑点来到宙斯。《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容,于2006年10月2日至12月18日在日本播出。雷欧(小野贤章 配音)是一名号称世界最强的勇者,拥有强悍实力的他抵御了魔王大军的侵略,从邪恶的魔王手中拯救了世界。可是,当和平重新降临大地之后,雷欧的强大开始让人们感受到了威胁,最终,雷欧被忘恩负义的人类赶出了圣都,踏上了流浪的旅途。