2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。
元和九年（1623年），德川第二代将军秀忠在江户大奥内暴卒，其死因尚未查明，下任将军继承人的问题旋即便被摆上台面。秀忠生前宠爱幼子忠长（西郷輝彦 饰），京都皇族也对其甚为看好，故而江户多数大臣全力拥护忠长出任第三代将军；另一方面，忠长的兄长家光（松方弘樹 饰）是第三代将军的合法继承人，其背后有老中松平信纲（高橋悦史 饰）等文臣的支持，更有将军剑术师傅——柳生宗炬（萬屋錦之介 饰）及其武士家族充当坚强的武力后盾。 为使家光成功践祚，柳生一族广结同盟，在对手处安插眼线，甚至不惜采取暴力手段达到目的。那个夏天，江户城内外陷入权力斗争以及血雨腥风之中……
Elia是一个在穗群小学学习的普通女孩。有一天，她被万花筒魔杖的人造自然精灵“魔法红宝石”强迫签订了一份合同，成为了“魔法女孩伊利亚”。在万花筒杖前持有者Rin Kisaka的指挥下，她被迫帮助取回班级卡片
