直到神兵卫（下村隆饰）出现，他现在已经成为了一个流浪者，经过几次考虑，他终于同意了。他告诉农民们，至少需要七名战士，所以九藏（宫古京二饰）、圣四郎（木村功饰）、五郎（稻叶吉人饰）、七郎（加藤大辅饰）、平八（千木敏郎饰）和菊千代（三川敏郎饰。在整个防御准备过程中，武士和农民之间发生了许多摩擦和笑话。在一次偷袭中，一名武士为了救一名农民而被火器击毙。很快，山贼的反击随之而来，一场激烈的战斗即将开始。
“两年后回来”的承诺，被前一部作品转移到了福岛，成为了故事的轴心。虽然直子知道这个承诺是一个谎言，但他一直在等待并相信。就在5年前，还有一个略有不同的第五年暑假。
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。
