市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美树（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）讨论浪漫话题，享受年轻女孩的快乐青春。就在这时，一个叫小美彦（斋藤千和配音）的新生来到了班上，这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上，小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声，而正是严小美在追赶它。在关键时刻，他们得到了魔法女孩巴玛米（水桥翔之配音）的帮助，巴玛米也是神奈原高中的学生，并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
九个月前，三十多岁的Inuhai Hideyoshi（柴崎由纪饰演）突然接到通知，要去美国俄克拉何马州学习，因为她知道自己正在成为警察部队不可或缺的一员。在感到焦虑和不安的同时，秀吉也下定决心要有所成就。此时此刻，机会从天而降。
三女神联盟相互勾结，导致人类走向灭绝。吞噬乌鲁克的毁灭预言。面对绝对的结局，最残酷的战斗已经开始了！
