不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一 配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且与日番谷交手的是一个早已死掉的死神草冠。这两个人当年曾是莫逆之交，他们的关系也让袭击事件变得扑朔迷离。日番谷的暧昧态度零十番队遭受软禁处罚，而草冠的背后有隐藏着怎样的势力和秘密？ 本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第二部剧场版。
美国和日本之间的战争爆发了，14岁的清太和她的妹妹四处逃亡。当他们到达避难所时，他们的母亲受了重伤，很快就去世了。从那时起，这两个兄弟姐妹过着相互依赖的生活。他们不得不求助于母亲的姐妹。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
