幸存的人们建造了三堵巨大的防护墙,以防止巨人的入侵,并在这个与世隔绝的环境中享受了百年的和平。然而,作为“和平”的代价,人类已经失去了走出围墙的“自由”,像圈养的动物一样平静地生活。主人公艾伦·耶格尔对他尚未见过的外部世界感兴趣,但也渴望人类失去的“自由”。与大多数害怕巨人、盲目相信墙可以保护自己的安全并愿意在墙内生存的人类不同,他探索墙外世界的想法被认为是异端。十岁那年,当人们已经安逸了100年的时候,艾伦·耶格尔突然出现了一个前所未有的60米高的“超级巨人”,以压倒性的力量摧毁了城墙。之后它立即消失了,巨人们成群结队地冲进墙里捕食人类。
战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者,经过激烈的战斗,打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后,我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下!”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗,并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除, “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪,这些妖怪们组成“牙鬼军团”, 为了让“牙鬼幻月”完全复活,妖怪们到处搜集人们的恐惧心,开始向人们展开袭击!紧急时刻,出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔,也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们!“当忍则忍,可不忍则不忍!” 三代同堂,用火热的“忍者心”(Nintality)以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪!为了继承祖父的“终结忍者”这个封号,也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活, 他们不仅不忍,还要大肆反击!