花与艾丽斯双双考进宫本所念书的高校,花也设法成为了宫本所在的相声社团的社员。某次意外令宫本患上短暂性的“记忆丧失”,花趁机编出其是宫本曾开口示爱的对象,两人谈起伪恋爱。眼看谎言越撒越多接近无法收场,花情急之中把艾丽斯拉了进来,不想她自己成了“电灯泡”。
转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措,但为了喜欢的话剧,为建立话剧部而来到学生会室,这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时,抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻,川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查,还要保护东和秋原,以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨,秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗?为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”,比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉,能否实现?请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。