故事以TV版为基础,战斗所剩下的骑士只有六人:城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇,并令姊姊复活。
幕府末年的海阪藩,下级武士清兵卫(真田广之)在妻子病逝后,以微薄薪俸独自照料痴呆老母和两个年幼女儿,由于每日结束工作后都是匆匆回家从不参加应酬,他被同僚们戏称为“黄昏的清兵卫”。
传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。 曾经的战场——高达模型联网对战(GBN)在经过版本升级后,加入了感觉反馈功能,代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风,而是怀揣各自想法进入这一世界。