主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。
在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士(八岛智人 配音)的协助下,潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特(林原惠美 配音)经过连番赌局,终于挫败技术高潮的装甲艾许雷,在筹码上百万美金的赌局中获胜,并且成功拿到藏有榭尔(中井和哉 配音)记忆的筹码。可与此同时,鲍伊德(矶部勉 配音)紧追不舍,定要置露恩于死地。随着榭尔的记忆大白天下,一切丑恶到了决断的时刻…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编,为“壳中少女”三部曲中最后一部(前两部分别为“压缩”和“燃烧”)。