2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类登上星际迁徙飞船“阿拉姆”，前往11.9光年外的鲸鱼座τ星E的旅程。然而，人类花了20年时间到达的这颗行星与地球之间的环境差距远超预期，使其不适合人类生存。移民飞船上有一个叫庆雄的年轻人。4岁时，他目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来，他一直想回到地球，摧毁哥斯拉。移民的可能性已经消失，飞船内部的生活环境变得越来越恶劣。以Haruhiro为中心的“重返地球派”已经成为主流，他们决定通过危险的长途子空间航行重返地球。然而，经过2万年的进化，地球已经形成了以哥斯拉为顶点的生态系统，完全成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗？庆雄的命运会怎样？
无论是外表还是个性，二之宫渚（堀北真希 饰）都属于普通的那一栏，唯一和同龄女高中生不同的地方时，她的了不治之症，只剩下三个月的寿命。得知自己年轻的生命即将走到尽头，渚并没有十分激动，她的脑海里只有一个念头，那就是去海边小镇，找自己曾经喜欢过的男生石川聪（洼冢俊介 饰）。 渚隐瞒了自己生病的事实来到了聪的身边，本以为早已淡忘的感情逐渐的在胸中复苏了。让渚感到失望的是，聪并非单身，此时的他正在和一位名叫绘里子（高冈早纪 饰）的女子交往着，而绘里子是一名有妇之夫。一次偶然中，渚与绘里子的女儿相遇了，两个孤独的灵魂相互慰藉，渚决定带着女孩离家出走。
在这个关键时刻，美玲竟然亲吻了寿，但令寿不敢相信的是，她变身为长剑，成为了美玲的武器。两人合作打败了敌人。原本岛上生活着许多和寿一样的人，比如无忧无虑的守财奴樱花美凤（久保由里香配音）、英俊潇洒的新京（方野由奈配音）、无拘无束的莲石玲音（大西沙治配音）。他们的共同目标是离开这个岛。
