他们的主要对手是杜伦布贼党，分别由女贼头多龙芝（深田恭子 饰）及其一胖一瘦两个随从童兹拉（小林剑道 饰）和波亚基（生濑胜久 饰）组成。多龙芝效力于盗贼之神骷髅贝，他们奉命四处寻找传说中可以实现任何愿望的骷髅石碎片。 少女翔子（冈田杏理 饰）的父亲海江田博士（阿部隆史 饰）是一位考古学家，他在寻找骷髅石的过程中突然失踪。从翔子那里得知详情的小双侠为阻止骷髅贝灭亡世界的阴谋，与多龙芝一众展开连番精彩激烈的战斗……
对外面的世界一无所知。我对自由的天空一无所知。他们的任务只是战斗。敌人是一个巨大的生命实体，被称为龙，它被所有的谜团所覆盖。为了对抗看不见的敌人，孩子们登上了一个名为“FRANXX”的机器人“。他们坚信乘坐它是他们存在的证明。有一个年轻人曾被称为神童。代码016。这个名字叫光。但现在他已经跌入了谷底。这是一种人们不需要的存在。如果你不乘坐FRANXX，它就好像不存在一样。在这样一群人面前，有一天，一个名叫02的神秘女孩出现了。她的前额有两个明亮的角。我找到了，我的DARLING
