草薙由麻（大空直美 配音）是皇缠的好友，同时也是身上流淌着巫女血脉的巫女候补，肩上背负着沉重的责任。 某一日，两人在前往神社的路上遭遇了一连串的意外，一个行踪诡异的男人成为了危害小镇宁静的不安定因素，为了压制疯狂的男人，由麻进行了“神悬仪式”，然而，让所有人都没有想到的是，被神明附身而拥有了能够降妖除魔的能力的人，却是皇缠。
4月1日，俊勋（由兰井泰介饰演）在一所私立交叉学校学习，拥有与普通人截然不同的能力。他能看到别人看不到的东西，而众生的奇怪形状让他感到困惑。一次偶然的机会，俊勋踏入了一座既存在又不存在的建筑，遇到了被称为“次元魔女”的石原裕子（星饰演）。
鸣人从小就孤独无助。十多年过去了，年轻的鸣人被木叶村的忍者学校录取，在那里他遇到了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的继承人之一。当他还是个孩子的时候，他的兄弟，一个已经拥有高超忍术的忍者，杀死了他们家的所有人，然后投奔了大蛇丸，大蛇丸一直想摧毁木叶村。佐助从小就发誓要超越他的兄弟，为这个家族报仇。火影忍者和他们的团队在忍者学校接受了教官卡卡西的精心指导，在他的帮助下，他们在成长过程中一次又一次地面临挑战！
