高中毕业后,梅珠在嫁给魏后怀孕了,本该享受更好的生活。然而,暗恋魏的女学生竟然收到了《四神天地书》。打开后,她进入了这本书,想取代美竹成为朱鸟女巫,目的是改写历史,夺走美竹的一切,包括她的身份。
卡卡西(井上和彦 配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。