灾难性袭击对世界造成“第二次冲击”后,世界在废墟上重建。14岁的Ikashi Shinji被他的父亲Ikashi Moto召集到第三新东京城。我以为我能看到他受到父亲的欢迎,但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物与军队交火。高中女孩吉冈双叶(本田翼 饰)刻意让自己显得不修边幅,以避免成为其他女生攻击的对象,每天都不得不为此小心应付,殚精竭虑。某天,她意外重逢了曾在初中时代有过交集的男孩田中洸(东出昌大 饰)。