故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。
幕府时代,公仪介错人(为剖腹者斩首的刽子手)拜一刀(若山富三郎 饰)执行上层命令,为年幼的地方领主斩首。归来后梦见妻女被人所杀,心生不祥预感。柳生手下拜访拜一刀,看见堂中为断头者摆放的灵位,遂以谋反罪名密告柳生家族。
心怀对同伴的思念,向自己所相信的道路前进! 经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗,以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别, 纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。