二十世纪初的日本太正时代,自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。 随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合,帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比,蒸汽铁道、地下铁道纵横交错,马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。在这个世界上,存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中,在那里,设立了名为“脑机能异常对策室”的机构,专门解决怪灵带来的危险和麻烦。