故事发生在圣女斯克威尔学院之中,这是一所专门培养职业演出明星的学园,曾经,无数的偶像明星从这所学园之中冉冉升起。一年一度的少女竞技活动即将展开,为了获得比赛的胜利,少女们开始了积极的训练。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时,抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻,川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查,还要保护东和秋原,以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨,秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗?为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”,比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉,能否实现?请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
另一方面,超自然研究部门的成员在享受平稳的日常生活的同时,正在逐渐准备与巴里家族的排名游戏,以及与一郎等人的学习之旅。这次游学的目的地是京都,那里有不同的神话体系。义成等人对观光充满期待,但一到就卷入了灾难团与居住在古都的怪物之间的纠纷。一郎正在探索新的“可能性”,以保护利亚斯热爱的京都。