在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。
故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开，这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里，主人公“一山编织者”虽然是男性，但却能够操纵is。因此，他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
命运的趋势下，拓海即将与被人称为“赤城之白色彗星”的高桥凉介（小野大辅 配音）的决战。 为了适应秋名的路况，高桥将爱车FC3S的马力从340调到260，以取得性能上的平衡。宿命之战正式开锣，传奇对决拉开帷幕……
