中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作,于是开始了在城市各处的奔走,在此过程中,只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面,与此同时,瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此,瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音(喜多村英梨 配音),希望后者能够解答他的疑惑,哪知道在两人调查的过程中,瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。