2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
妻夫木聪饰演的波佐间永介白天是糕点师,实际是带领一支拥有过人手术技术但费用高昂的地下医疗团队的队长ace,为被放弃的患者进行手术。藤原龙也饰演他的搭档,被称为joker的国际律师山田让,负责与患者进行交涉。