市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan(由Yumu Bi配音)的大二女生和她的朋友Sayega美树(由Hidamura秀吉配音)和仁美智珠(由Shinagai Ryoko配音)讨论浪漫话题,享受年轻女孩的快乐青春。就在这时,一个叫小美彦(斋藤千和配音)的新生来到了班上,这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上,小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声,而正是严小美在追赶它。在关键时刻,他们得到了魔法女孩巴玛米(水桥翔之配音)的帮助,巴玛米也是神奈原高中的学生,并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版,分三部分上映,由电视版12集改编而成。
自西元20XX年,人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后,便开始对它进行研究,后来有人重建出来所谓的“神之语言”,并建立电脑程式以启动原始索哈尔,进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验,但很不幸地,从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移,使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”,人类因而被迫逃亡,离开地球。 到了四千年多后,在故事开始前十五的T.C.4753年,米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件,在此次事件当中,米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击,并在冲突事件后消失,但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后,启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体,因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物,都被封存在Y资料当中,而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内,然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺,因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府,英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面,在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年,也就是大约在游戏EPI开始的时候,当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义,进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划,但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是,KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面,在EPI开始时,参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑,正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击,而KOS-MOS也在此时突然启动,卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋,以及会改变人类命运的事件当中……