在新赛季，当三运队参加B级战斗以晋级A级并选拔远征军时，它受到了近世界最大军事国家阿富特克拉的命令，其附属国家加洛普拉出现并对其总部发动了快速进攻。最高机密召集的边境精锐部队的交战拉开了帷幕。
故事发生在一所私立学校，长濑纯一（由Yudo no配音）是一个普通的男孩，他一直和妹妹平野敏夫（由Aya Hirano配音）过着平静祥和的生活。在一次事故中，准一遇到了一群犯罪青少年，他们欺负一个陌生的女孩。
若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。
