松田启人(津村真琴 配音)是一个热爱幻想的五年级男生,一次偶然中,启人捡到了一张神奇的卡片,这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界,在那里,启人遇见了基尔兽,此时的他并不知道,基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。
其中,拥有特殊天赋的人可以获得使用“神器”作为武器的特殊能力。傲娇的青梅竹马天谷春莲(泽子夏舞配音)、坦诚直率的知八稻穗(叶水一枝配音)、叛逆霸气的吉信木林(Yazusha Yori配音),在大山和这些可爱的女孩忙碌而惊心动魄的学术生活中结下了牢固的友谊。随着他们的能力逐渐提高,大山意识到他们似乎卷入了一场大规模的战争。
在高中的一个暑假里,雨佳华山(土屋泰丰饰演)和其他九名同学从昏迷中醒来,发现自己被监禁在一座偏远农村的废弃建筑里。所有人都很困惑,只有优佳持漠不关心的态度。就在这时,放在房间角落里的录像机和电视突然自动启动,屏幕上显示出了相应的文字。