3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最后，光明巨人将黑暗封印在遥远的宇宙中。光之巨人也用尽全力，在这颗红色星球上陷入了永恒的睡眠。时光飞逝，当地球和平联盟TPU紧急组建精英团体“GUTS-SELECT”时，主人公振中健吾正以植物学家的身份在新探索的火星上平静地生活着。但有一天，古印的黑暗又突然袭来，打破了生活的宁静。当火星的街道被怪物摧毁时，剑武在命运的指引下遇到了沉睡的光之巨人。这次遭遇会对他和地球产生什么影响？穿越时空觉醒的光之巨人被命名为Trija Ultraman。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
