御茶水工业大学生早乙女和也,因恶友南原耕太郎的阴谋赠送的病毒CD发作、试图抵抗之下,居然莫名奇妙的连结到生化达因公司网站,还误订了生化娃娃(Cyber Doll,简称CBD)。快递员送来了生化娃娃小梅,开启了和也与小梅的故事。
毒品贩子羽鸟被黑帮组织大场兴业杀害,羽鸟的女儿真纪(池玲子 饰)发誓为父报仇,持刀行刺该组织首领大场喜一(叶山良二 饰)。然刺杀失败,真纪被捕入狱。
舞台是“绿色世界”中理性的象征,但它正受到“红色世界”中由本能支配的生命形式Nightfly O'Note的攻击和入侵。17岁时,主人公马黄明被任命为青年世界的研究员。