人们似乎回到了平静的生活,为了防止敌人再次横冲直撞,准备了巨大的萝卜并挑选士兵进行训练。有一天,这一天终于到来了,站在即将到来的敌人面前的队伍是特种部队Go Buster!!他们的战斗现在开始了!人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。