某日,一群使用风遁之术的空忍空袭火之国,无数民众和忍者遇害,形势危急。据纲手大人所言,这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团,如今他们怀着复仇之心再次出现。橙色头发的男孩黑崎一护是一名有着强烈正义感的高中生。他与父亲和两个姐妹住在一起,从小就能看到鬼魂,但他并不把它当回事。一天晚上,一只名叫“旭”的怪物袭击了一护和他的家人。