故事发生在遥远的2020年，在与神秘生物“原生动物”的战争中，人类第一次体验到了彻底失败的滋味。土地被剥夺，权利被挤压，在残酷的独裁统治下，人类被迫过着压抑的生活，过着贫困的生活。然而，即便如此，强者仍然没有放弃反抗的机会。
为了应对Guyadi开发的完全独立的无人作战武器“Legion”的入侵，其邻国圣诺斯替共和国开发了无人作战武器的破坏力。然而，无人战斗机只是一个空洞的名字，实际上是不被承认为“人类”的人——86名飞行员，被用作道具。
在东京宁静的角落里，有一个幸福的三口之家。现在，这个家庭迎来了新的生活。小君，一个爱撒娇的儿子，迎来了他刚出生的妹妹。他感觉到父母对他的爱被妹妹带走了，当小军在院子里遇到来自“未来”的妹妹并踏上穿越时间的旅程时，他很生气。
