五年前,瘟疫在大冢村一夜之间蔓延开来。为了防止疾病的传播,周围的村庄用大火烧毁了整个大冢村。大冢村的三个孩子,Nobunaga Kuzuka、Gensuke Kukawa和Binlu幸存了下来。三人被教会收养,在其他村庄过着平静的生活。
その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后,小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中,他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”(基格尔德·核心)及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。