POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代~近未来的水准,与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外,所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是,借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密,精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
这部作品主要讲述了一天的故事,当时流行的VRMMORPG“YGGDRASIL”应该停止所有服务,但即使在游戏结束后,玩家也不会退出游戏,NPC也有自己的想法。
之后,一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,竟然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位激进的环保主义着,妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物,而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚(后藤邑子 配音)的帮助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一起,决心破解四膳守的阴谋。