2009年4月~6月に放送された人気TVアニメの完結編となる劇場版2部作の第1部。監督は「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」の神山健治。
一夫和一美本是青梅竹馬的朋友,如今移居外地多年的一美回到故里成為轉校生,一段兩小無猜的感情眼看就要發生。只是神秘的事件讓一切都改變了,兩人正在發育的身體掉包,面對的身心困惑更是加倍。
小镇上来了一个名叫神崎的中年男子,他手里还拿着一个神秘的大盒子。他走进一个破旧的小店,店里一位老妇人正独自坐着。他从盒子里拿出一个奇怪的头盔,放在老妇人的头上。