1945年,盟军突入德国,德国疯狂科学家李然博士研究的项目----科学怪人法兰克的心脏被潜艇秘密转移到了其同盟国日本的广岛陆军医院,供起研究出不死的士兵,然而核子爆炸使一切化为灰勁.十五年后,科学家在广岛研究核子放射能对人类还有环境的研究中,意外的发先了一个孩子,在检测 中发现其虽然受过核子放射能的照射,但一点都没有被污染,经过调查发现原来这个孩子在核子爆炸后迷一样的出现在广岛的英树医院(原广岛陆军医院),而且他还在不停的变大,所以科学家们推测当年的法兰克的心脏在受到了放射能的影响后,发生了异变,他们称其为广岛怪人法兰克.然而这时的法兰克已经变大到人们不可控制的地步,并且逃出了医院,另一方面,在秋田油田,出现了地底怪兽,最后两只巨大的生物在平原相遇,并进行了激烈的战斗,最后法兰克用火战胜了地底怪兽,然而与此同时一只大章鱼在悄悄的接近他.........
在他的绝望中，一个神秘的女人出现了，拯救了他的灵魂。
宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...
