日本防卫省特种部队的精英内岛维辰(木佩·希娜饰)向学生们介绍了这种怪物。他拥有20马赫的超高速,人类的普通武器对他没有任何影响。为了防止怪物在一年后阴谋毁灭地球,人类必须想办法消灭他。而怪物自愿担任E班的班主任长达三年,因此无能为力的学生承担起了刺杀怪物的责任。之后,学生们接受了内岛的严格训练,刺客碧姬(Kei饰演)、智能机器人自主思考固定炮塔(桥本春奈饰演)、转学生森荷里(Kato Keishiro饰演)和教官秋原明(Takashima Masahiro饰演)等强大对手也纷纷来到这个暗杀教室,离奇的“杀害老师”将面临无休止的暗杀行动。。。这部电影改编自松井有政的流行漫画。
这部电影将描绘被称为日本历史上最大谜团的“本能寺事件”的前一天,以及一部追踪这一谜团的历史悬疑电影。故事开始于现代京都,即将结婚的可可(Ayase Yao饰演)正处于人生的岔路口,她住进了一家本能的寺庙酒店。