故事发生在一年的战争期间,与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人,基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。2005年,美国国家航空航天局发现了一颗类似地球的外星行星,并确定其上可能存在智慧生命。为了与外星智慧生物取得联系,美国国家航天局启动了“灯塔计划”,并在夏威夷发射了一个深空通信阵列基地,传输高功率信号进行探测。几年后,一艘外星飞船意外抵达。