1998年夏季,拥有预测型未来视的女孩濑尾静音(井口裕香 配音)邂逅伽蓝之堂的黑桐干也(铃村健一 配音)。从对方口中,她了解到未来视的真相,心中的疑惑和焦虑也烟消云散,但同时也看到了干也悲剧性的未来。
丰川姬乃(田中美海 配音)的母亲在她很小的时候就去世了,这么多年来,她一直和父亲过着相依为命的日子。这一天,姬乃跟随着父亲搬家来到了母亲的故乡岐阜县多治见市,不仅如此,姬乃还即将进入母亲曾经就读过的学校念书,这让姬乃感到非常的兴奋。
伴随着“空间震”这一前所未有的灾害,出现了一些称为“精灵”的神秘少女,对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们,数十年间,人类从未停止对抗她们的步伐。