1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
有一天，一个叫剑子的高中女生突然能够看到普通人看不到的鬼魂。面对一夜之间不断变化的日常生活，她选择“睁一只眼闭一只眼”，假装看不到那些可以继续生活的东西。
浅草绿（斋藤飞鸟饰演）是一名一年级的高中生，是一名动漫爱好者，他强调“设定就是生活”。在素描本中绘制和积累各种想法，但由于无法独自行动，无法朝着动画制作迈出一步。对于浅草作为制片人的天赋，近森·沙耶加（由美泽美博饰演）很快就注意到了。
