故事发生在私立百花王学校，该校庆祝成立122周年。这是一所享有盛誉的传统学校，由金融业知名人士的子女就读。赌博技巧决定了学生的水平。胜利者获得地位和声誉，失败者则被剥夺财富和尊严。故事以神秘的转学生莫莫科·瑟彭蒂（由滨比美博饰演）的出现开始。
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
