某天,时隔10年回到日本的少年一希东,突然遭到武装男子们的袭击,并被囚禁起来。而救出了东的人,是青梅竹马的少女朝吹黄金,以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。
结束了与魔人布欧的惨烈之战后,多灾多难的地球重归和平,而作为救世主存在的孙君(野泽雅子 配音)还生人间,和家人们过着无忧无虑的快乐生活。这边厢Z战士们安享太平,遥远的宇宙最深处,一个可怕的神明悠然苏醒。
卡卡西(井上和彦 配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。