小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面，在亚速特王国的超级机构城市，贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说，在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量，贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧？Polkenyon和Majana的起源是什么？他们如何携手对抗贾维斯，拯救亚速特王国？马吉安娜的最终命运是什么？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
泷野智（樋口智惠子 配音）人称阿智，争强好斗的同时，却有着意外的单纯和天真。外表冷静成熟的榊（浅川悠 配音）对世上一切可爱的东西抵抗力为零。水原历（田中理惠 配音）是阿智的童年玩伴，成绩优秀的她毫无疑问的成为了阿智的挑战对象。再加上一个活宝班主任谷崎由佳里（平松晶子 配音），这三年的高中生活一定会多姿多彩的。 动画片由漫画家东清彦的同名四格漫画改编，用过描绘女子高中生的日常，展现了一个可爱温暖，妙趣横生的世界。
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。
