我们的使命， 是击退企图破坏作品世界的【病毒】！ 我们要为了守护这个世界而努力！ 曾经号称御宅文化圣地的秋叶原如今也成为了商业街， 动画和漫画的记忆逐渐被忘却，专卖店也逐渐关闭，变得所剩无几。
怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。
这部作品的世界观与TYPE-MOON作品的共同世界观基本一致，但它是一个平行世界，源于20世纪70年代，当时TYPE-MOUN作品共享一个共同的世界观，而不是简单地预测《月姬》和《命运》等作品的未来。伟大源泉（玛娜）的魔力已经在这个世界上枯竭了。因此，TYPE-MOON共同世界观中的“魔法”和“魔法”几乎都衰落了，魔法协会只有不依赖魔法的“阿特拉斯之家”。
