2000年。在长野山脉的九郎山，一个神秘遗迹的挖掘工作正在进行中，一具戴着石化腰带的古尸藏在棺材里。谁知道，当调查小组打开棺材时，它也唤醒了它的死敌“古浪吉”。调查小组立即遭到不明生命体的袭击，全部死亡。
3天前，在京都市内发生了一起奇怪的事件，在死者咖啡店老板武村勇介的遗体上，发现了3个汉字连在一起的红色墨水写下的“男”字。奇怪的是，5年前在东京都内也有两名IT界人士相继被杀，在各自的现场留下了“虫”和“品”的红色墨水文字，至今仍是未解决的案件。 在事件现场留下的，朋和理沙注意到了现场留下的都是三个汉字连在一起的“品”形文字。她们认为很有可能是凶犯时隔五年再次犯案。尽管这一猜想被上司否定，朋和理沙仍然没有放弃，继续寻找着时间的真相。 就在这个时候，她们得知了被杀的武村在4,5年前曾就职于最大的软件公司这一线索。而且，武村被杀的两天前，与该软件公司的社长有过会面。为了进一步搜寻线索，朋和同事一起前往该软件公司，却不料吃了闭门羹。 就在此时，东京都内竟然又发生了新的杀人事件。看到留在现场的红色墨水的“品”形文字，理沙立刻改变了眼神，洞察出了事件的不简单...
有一天，由于一种名为“野兽”的生物的入侵，人类平静的生活结束了。当最后一个人类威廉（由新井良宏配音）从沉睡中醒来时，他发现500年过去了，威廉承载着人类延续的最后希望。在这个世界上，只有知道如何使用圣剑的怪物才能与野兽竞争。
