2010年,前小学生已经进入大学,太一、阿和等人走上了不同的人生道路(八神太一和石田大和将长大到22岁)。此时此刻,数字宝藏的研究人员Koji(松冈莫约配音)告诉他们,随着“被选中的孩子”长大,数字宝藏也会消失。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。