在此期间，在遗传学领域做出杰出贡献的大门勇博士（武中直人饰演）拒绝与邪恶宫殿合作，被残忍杀害。达门医生的儿子达门东洋（小原康树饰演）和他父亲发展起来的电角色查布卡为正义与细胞军进行了艰苦的斗争，在此期间，他们还与最初的敌人博格小姐（山崎根司饰演）进行了斗争。然而，他坚持的正义最终导致了查布卡的垮台。25年后，一贫如洗的大门峰（半尾川路饰演）向肆无忌惮的政治家若谷（清田和树饰演）投降，遭受羞辱，而邪恶宫殿的邪恶计划即将完成。。。这部电影改编自20世纪70年代的同名故事片。
由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summer”填补原电视动画版的空间。 故事是在原TV版第8话中段开始接轨，加插了大量柳也、神奈和里叶出发去寻找妈妈的旅途中所发生的事情。该OVA包含了游戏Summer篇涵盖所有的内容（Summer篇本身为单线无选择），有认为该部分表现力比之游戏原作更为精彩，为整部动画添色不少。
在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
