故事发生在位于东京中北部的大岛镇。一个名叫Issey(由Ayama Sasakura配音)的14岁普通女孩和她的妹妹Iseta(由Akira Otsui配音)与年迈的祖父过着相互依赖的生活。尽管生活简单而艰难,但这个家庭最终充满了幸福。
继第一季之后,《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容,在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆(《怨声载道》饰)和井上升(《财富无限》饰)纷纷加盟,无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面,初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外,官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说,让爱好者继续在黑暗世界中游荡。