世界受“魔甲虫”威胁,大地遭其占据,人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司,是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而,如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天,彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——?由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击,现在启动
故事中的怪物大多来自《百鬼夜行》中的西山石山和《小人物的百个故事》中的竹原春树的怪物画集。表面上看,努良芦生是一名13岁的普通一年级学生,但实际上,他是怪物“滑头鬼”的孙子,拥有怪物四分之一的血统。